柳州市野生动物有300多种，其中属全国保护的野生动物有大鲵、红腹锦鸡、林麝、蟒、巨蜥、黄嘴白鹭、黑熊等30多种。境内九万大山有鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲、哺乳纲动物26目56科，其中林栖动物数十种、两栖动物与爬行珍奇动物30多种、鸟类50多种。在众多的野生动物中，属于国家一级保护野生动物的有短尾猴、大鲵（亦称娃娃鱼）、鹰嘴黑颈长尾雉；属于国家二级保护野生动物的有猕猴、苏门羚、大灵猫、小灵猫、红腹锦鸡等。数十种珍稀动物均在九万山发现过，而黑熊、猕猴等动物更是经常出没在山林中。
    柳州市境内以元宝山、九万山自然保护区，三锁、拉沟鸟类保护区，泗涧山、滚贝老山水源林保护区为主的森林群落里，栖息繁衍的各类生物最多。植物资源有5000多种，其中国家一级保护野生植物有元宝山冷杉、南方红豆杉、合柱金莲木等10余种，国家二级保护野生植物有华南五针松、南方铁杉、红花木连、闽楠、梳帽卷瓣兰等200多种。药用植物有白芨、七仙桃、石斛、三百草、百檀、黄柏等3000多种；香料植物有灵芝草、含笑、茉莉、栀子等；攀岩植物有白藤、九龙藤、鸡血藤等。
    2014年1月，水苗族自治县元融宝山自然保护区入选国务院办公厅公布的23处新建国家级自然保护区名录。保护区总面积4200公顷，为森林生态系统类型自然保护区，是国内生物多样性关键性区域和珍稀动植物富集区，也是珍稀濒危植物——元宝山冷杉在全球唯一生存地。保护区内分布有热带、亚热带至温带的植物1862种，其中国家一级保护野生植物3种，二级保护野生植物13种，国家一、二级重点保护野生动物47种。主要保护对象分别为亚热带中山针叶、阔叶混交林、亚热带中山常绿落叶、阔叶混交林、南方红豆杉林、南方铁杉等珍稀野生植物，鼋、金钱豹、熊猴、小天鹅、水鹿等珍稀野生动物。